在医学尤其是用在针灸学上，「子午」有下列几种含义。
一、子午代表地支
地支子午之外如丑未、寅申、卯酉、辰戌、巳亥，虽能代表六气，而莫不以子午为推算的开始。
二、子午代表阴阳
《华氏中藏经》说：「阳始于子前，末于午后；阴始于午后，末于子前；阴阳盛衰，各在其时，更始更末，无有休息，人能从之亦智也。」据此，子午是代表阴阳的。
三、子午代表时间
《灵枢·卫气行》篇云：「岁有十二月，日有十二辰，子午为经，卯酉为纬。」
子午指一年十二个月中阴阳盛衰的转折点，每年冬至一阳生在子月（农历十一月)，夏至一阴生在午月(农历五月)；一日十二个时辰，子为夜半，午在日中，是为阴阳的分界点。
四、子午代表寒热
暑往则寒来，夜往则昼来，子时寒极，午时热极，事实如此，凡此皆代表气候的寒热。
五、子午代表经脉
以十二地支表示一日十二时辰的循环来反映人体十二经脉气血流行的盛衰，一时一经，周而复始，与天同纪。
由于以上的几种含义，可知子午和人体是有密切关系的。
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